Es profesor de historia y ciencia política de la Facultad de Ciencias políticas y sociales de la Universidad Nacional Autónoma de México. Colabora para el periódico de La Jornada, sobre el tema de la globalización y el movimiento zapatista de Chiapas. El Dr. Gilly ha escrito numerosos libros sobre la historia y la política de México y Latinoamérica. Actualmente vive en la Ciudad de México. Gilly es considerado como uno de los pensadores mexicanos más prolíficos del Marxismo. Es conocido en el ambiente académico como uno de los profesores e historiadores de México más leídos. Su pensamiento político está reflejado en sus escritos.

Es considerado un académico marxista con tendencias socialistas. También perteneció al Partido Revolucionario Trotskysta. Y actualmente es miembro del Partido Revolucionario Democrático. Ha colaborado en varias juntas con el Subcomandante Marcos y es colaborador de Narconews. De 1997 al 1999 laboró como consejero del entonces jefe de gobierno de la Ciudad de México, Cuauhtémoc Cárdenas Solórzano. Ha escrito numerosos artículos de muchos temas relacionados con la política y la economía de México y Latino América. Entre sus obras más conocidas están los libros La revolución interrumpida (El Caballito, México D.F. 1971) y El cardenismo: una utopía mexicana (Edición original: Cal y Arena, 1994 – y después en Ediciones ERA, 2001). También colaboró en libro ¿Historia para qué?